Ficheiros Joomla alterados

Olá. Soube da recente actualização do Joomla para a versao 1.0.12. Sei que para fazer o upgrade apenas tenho que substituir os ficheiros da versao anterior pelos da versao do pacote de actualização. A minha dúvida é: tenho alguns dos ficheiros originais do Joomla modificados a "meu gosto". Se fizer o upgrade esses ficheiros serão substituidos como é lógico. Ora se eu os mantiver e substituir todos os outros o upgrade ficará bem feito?
Obrigado!

Essa questão só por tentativa e erro. Quando alteramos ficheiros temos sempre de ter em conta que pode haver problemas na práxima actualização. Tudo depende no entanto se a alteração é em código php sensível (e que teria de ser coerente com alterações em outros ficheiros) ou apenas em formatação html.
A solução passa por testares isso a nível local, saber quais são os ficheiros alterados, fazer uma comparação entre eles com uma ferramenta como o winmerge .. e esperar pelo melhor.