Quem tem o problema de que os artigos de categorias modificadas não acompanham o layout dessas categorias usem a seguinte modificação:

no xml do layout da categoria no fieldset article no fim adicionem;
<field name="article_layout" type="list"
description="layout"
label="layout"
>
<option value="">default</option>
<option value="outrolayout">outro layout</option>
</field>

Adicionam as opção dos layouts dos vossos artigos, os artigos deste menu da categoria vão assumir o layout escolhido, mesmo que o link não tenha nenhum layout definido.